Từ ngày 15/6/2012, việc quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí được trích từ các khoản thu hồi phát hiện qua công tác thanh tra đã thực nộp vào ngân sách nhà nước được thực hiện theo quy định tại Thông tư liên tịch số 90/2012/TTLT-BTC-TTCP do Bộ Tài chính và Thanh tra Chính phủ vừa ban hành.